【Diagenode】染色质免疫共沉淀(ChIP)

【Diagenode】染色质免疫共沉淀(ChIP)

染色质免疫共沉淀(ChIP)


▍▏Diagenode help you master ChIP and ChIP-seq

Diagenode在ChIP研究及开发方面已有15年的丰富经验,在染色质分析领域也拥有非 常专业的知识。Diagenode致力于开发便捷高效的表观遗传学产品,为ChIP-qPCR、ChIP-seq、高效ChIPmentation以及表观遗传学研究的科研人员提供完整、可靠的产品及技术支持。

What is ChIP ?

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位 点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白修饰、转录因子等互作的DNA区段。利用该技术,将测序结果精确定位到基因组上,研究人员可获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。 ChIP包含特定抗原的染色质片段的选择性富集。 识别蛋白质或蛋白质修饰的抗体 可用于确定基因组中蛋白质的定位和翻译后修饰。ChIP技术可用于很多研究领域,以进一步阐明自然状态下基因的功能和调控作用。ChIP可用于比较蛋白的富集,定位蛋白 修饰或定量分析蛋白修饰。ChIP通常用于专注于细胞分化,肿瘤抑制基因沉默,组蛋白修饰对基因表达的影响的研究,以及其他涉及转录激活和抑制的研究。Diagenode为您 的ChIP-qPCR和ChIP-seq分析提供了完整且经过验证的解决方案。

ChIP-qPCR

ChIP与qPCR结合可用于研究已知基因组结合位点的蛋白质-DNA相互作用。ChIP-qPCR在研究不同实验条件的特定基因和调控区域方面具有明显优势。

ChIP-seq

ChIP-seq将ChIP与大规模DNA测序相结合,可在全基因组水平上鉴定并精确定位蛋白质-DNA结合位点。

▍▏ChIP is at your fingertips

Diagenode专注于表观遗传学,提供市场上最优质的表观遗传学产品。Diagenode拥有完整的ChIP和ChIP-seq解决方案,包括经过广泛验证的ChIP和ChIP-seq级别抗体、染色质剪切设备(Bioruptor®)、染色质剪切优化试剂盒、用于ChIP和ChIP-seq专用试剂盒以及用于文库制备的试剂盒。

Optimal solutions for your end-to-end ChIP

Automation

使用Diagenode的IP-Star®Compact液体处理自动化平台操作复杂的ChIP实验,减少手动实验操作处理,提高实验重复性。

EpigenomicServices

为您提供个性化的end-to-end表观基因组学服务,支持您从实验设计到数据分析的相关研究。

▍▏Chromatin preparation

交联、细胞裂解和超声处理的优化对成功的染色质制备尤为重要。 Diagenode 染色质剪切优化试剂盒与Bioruptor®超声仪,可以将细胞裂解和染色质剪切有效的结合在一起,从而获得可重复性的结果。每个染色质剪切优化试剂盒都会根据您的特定实验需求提供优化的试剂和经过全面验证的实验方案。考虑到特定目标的需求,SDS的浓度适应每个实验流程。

DNA片段大小在最佳范围内,易获得高质量ChIP结果;

  • 使用易于与抗原表位结合的特异性抗体;

  • 从不同的实验和样品中获得一致的结果;

  • 拥有最适合您特定实验所必须的优化工具。

染色质剪切制备装置

Bioruptor®是染色质剪切领域的创新设备,ChIP试剂盒搭配多合一染色质剪切系统,可提供最佳且重现性高的染色质剪切结果,同时还能保证较高的蛋白质完整性。

访问Diagenode网站,了解不同型号的Bioruptor®及其功能的更多信息。


▍▏Chromatin immunoprecipitation kits

经过15年的研究与开发,Diagenode成功推出多种优化的高性能ChIP试剂盒。Diagenode提供了一个便捷的平台,可通过大量优化的ChIP试剂盒来满足客户特定的研究需求。

在这里可以选择适合您实验的ChIP试剂盒:

  • 完整的试剂盒;

  • 全面优化的实验方案;

  • 可重复使用的磁珠;

  • 测序结果与参考数据的完美吻合;

  • 已测试许多物种(如:人类、老鼠、大鼠、马、鸡、牛、猪、植物等)。

A quick glance: ChIP kit features

▍▏Library preparation kits

Diagenode文库制备试剂盒已使用ChIP-seq样品进行了广泛验证。MicroPlex文库制备试剂盒使 用简单的三步法,是文库制备的最佳选择,特别是低至50pg的极低DNA样本量的文库制备。此 外,该试剂盒可提供一至两个index的选择。而对于标准DNA样品量,也可以使用iDeal文库制备 试剂盒。

●MicroPlex Library Preparation kit v3 - with dual indexes

KITS*:

C05010001-MicroPlexLib.PrepKitv3/48rxns

C05010002-MicroPlexLib.PrepKitv3/96rxns

DUAL INDEXES:

C05010003 -24DualindexesforMicroPlexKitv3/48rxns

C05010004 -96DualindexesforMicroPlexKitv3–SetI/96rxns

C05010005 -96DualindexesforMicroPlexKitv3–SetII/96rxns

C05010006 -96DualindexesforMicroPlexKitv3–SetIII/96rxns

C05010007 -96DualindexesforMicroPlexKitv3–SetIV/96rxns

*试剂盒中不包含dualindexes。

●MicroPlex Library Preparation Kit v2 - with single indexes

C05010012 - MicroPlex Lib. Prep Kit v2 (12 indexes) /12 rxns

C05010013 - MicroPlex Lib. Prep Kit v2 (12 indexes) /48 rxns

C05010014 - MicroPlex Lib. Prep Kit v2 (48 indexes) /48 rxns

● iDeal Library Preparation Kit – with single indexes

C05010020 - iDeal Lib. Prep Kit x24 (incl. Index Primer Set 1)

C05010021 - Index Primer Set 2 (iDeal Lib. Prep Kit x24)

MicroPlex文库制备试剂盒的实验流程

Microplex workflow - protocol with dual indexes.

50pg至50ng片段化dsDNA样品通过快速、简单的3个步骤就能制备成用于Illumina®NGS平台测序的文库。

▍▏ChIPmentation

Diagenode独特的基于标记的ChIPmentation技术,可在ChIP文库制备期间使用转座酶将测序文 库构建完成。与需要复杂步骤制备的传统文库不同,ChIPmentation技术是一个更简单、更快捷的 建库流程。同时,ChIPmentation简便的操作步骤可以使用较少量的染色质就能成功完成IPs。以上 特点让ChIPmentation 成为了分析每个染色质样品上大量组蛋白标记的有效方法。

  • 比传统的ChIP-seq方法更简单、更快捷;

  • 经过各种组蛋白标记验证;

  • 适用于分析样本量较大的样品;

  • 适用于分析单个样品含有大量标记的实验材料;

  • 可获得高质量的测序数据。


ChIPmentation sequencing results obtained from decreasing starting amounts of cells.

使用组蛋白ChIPmentation试剂盒(Cat#C01011010)对7x10^6个K562细胞进行了染色质制备。使用靶向 H3K4me3(Cat#C15410003)的Diagenode抗体,分别将从100,000、10,000和5,000个细胞中纯化的染色质用于免疫沉 淀。A为ChIPmentation试剂盒纯化的基因序列在基因组代表性区域的读长分布。B、C、D为使用ENCODE数据集 比较100,000(B)、10,000(C)和5,000(D)个细胞中前40%的峰。

ChIPmentation workflow

▍▏ChIP Kits and reagents highlights

石蜡包埋样品

iDeal ChIP-FFPE Kit

  • 快速且简便的脱蜡实验流程;

  • 石蜡去除:比传统基于二甲苯的方法毒性更低;

  • 使用DiaFilter色谱柱可快速恢复组织样品;

  • 无需酶消化即可快速制备样品染色质;

  • 温和解交联可保留dsDNA;

  • 获得的DNA适合qPCR分析或其他下游实验应用。

植物样品

Universal Plant ChIP-seq kit

  • 专为提取植物样品染色质进行优化设计;

  • 优化交联过程(crosslinking bags);

  • 兼容少量样品的input;

  • 可高度富集浓缩;

  • ChIP实验后可获得高DNA回收率;

  • 经过许多植物物种验证(如:番茄,胡杨,拟南芥,水稻等);

  • 使用MicroPlex文库制备试剂盒进行文库制备。


DNA 纯化
基于磁珠的 iPure kit 试剂盒 C03010014 (24 rxns),C03010015 (100 rxns) 是专门针对 ChIP 实验后对 DNA 进行高效纯化的产品。

  • 与纯化柱的方法相比,得率更高;

  • 可用于少量样品的 DNA 回收;

  • 使用磁珠法操作更简单;

  • 不含有毒试剂(例如苯酚 / 氯仿);

  • 为下游实验提供纯化的 DNA(例如 NGS)。

▍▏Other solutions to use with our products or your own protocols

间接蛋白固定剂

对于不能直接与DNA结合的蛋白,可以使用ChIP Cross-link Gold (Cat. No. C01019027) 试剂盒,该试剂盒可以高效地实现相互作用蛋白质的有效固定。

抗体

√ ChIP 和 ChIP-seq 验证:Diagenode 作为表观遗传学的专家,在 ChIP 和 ChIP-seq 实验中均已验证相关抗体;

√ 严格的 QC 标准:只有通过严格 QC 验证的抗体才会被添加到产品目录中;

√ 批次验证数据:每个批次的抗体验证后会将数据上传到网站上。

登录网站:www.diagenode.com,可以查看抗体目录表。

ChIP 阴性对照

根据抗体的需求不同,有兔、小鼠、大鼠 IgG 可供选择。

Beads 选择

在 ChIP 实验中磁珠、琼脂糖珠均可用于免疫复合物的分离纯化。

磁极

使用Diagenode的DiaMag 0.2 ml、DiaMag 1.5 ml磁极,快速有效地分离磁珠。

引物对

在Diagenode网站上查看ChIP/ChIP-seq相关引物对列表。


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